Sebagai konsekuensi dari terbentuknya Provinsi Gorontalo berdasarkan Undang-Undang Nomor 38 Tahun 2000 dibentuklah organisasi dan tata kerja perangkat daerah antara lain Badan Perencanaan Pembangunan Daerah yang dibentuk berdasarkan Keputusan Penjabat Gubernur Gorontalo Nomor : 03 Tahun 2001 Tanggal 19 Pebruari 2001, Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Tehnis Daerah Provinsi Gorontalo. Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Gorontalo Nomor:  800.08/10/Gub Tanggal 20 Pebruari 2001 DR. Ir. Nelson Pomalingo, M.Pd dilantik menjadi Kepala Bappeda Provinsi Gorontalo yang pertama.

Pada perkembangannya, setelah DPRD Provinsi Gorontalo diresmikan pada tanggal 5 Juni 2001 lahirlah produk-produk hukum berupa Peraturan Daerah (PERDA) dan berhasil memperdakan Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan dan Percepatan Ekonomi Daerah Provinsi Gorontalo dengan Nomor:  14 Tahun 2002.   Berdasarkan PERDA Nomor:  14 Tahun 2002 ini, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA) Provinsi Gorontalo berubah nama menjadi Badan Perencanaan Pembangunan dan Percepatan Ekonomi Daerah (BAPPPEDA) Provinsi Gorontalo.  

Kemudian dengan pertimbangan bahwa untuk memenuhi kebutuhan, tuntutan dan perkembangan pembangunan daerah, pada tanggal 30 Desember 2002 struktur organisasi BAPPPEDA dirubah dan disesuaikan dengan PERDA Nomor:  55 Tahun 2002 Tentang  Perubahan Atas Peraturan Daerah Nomor 14 Tahun 2002 tentang Badan Perencanaan Pembangunan dan Percepatan Ekonomi Daerah Provinsi Gorontalo. 

Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Provinsi Gorontalo dibentuk sebagai realisasi pelaksanaan dari prinsip Desentralisasi kewenangan otonomi daerah, sebagaimana yang diamanatkan dalam Undang Undang Nomor 32 Tahun 2003 tentang Pemerintah Daerah dan juga merupakan konsekuensi logis dari terbentuknya Provinsi Gorontalo berdasarkan Undang Undang Nomor 38 Tahun 2000 tentang Pembentukan Provinsi Gorontalo, serta Peraturan Pemerintah Nomor 07 Tahun 2007 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga-lembaga Teknis Daerah Provinsi Gorontalo.

Terbentuknya BAPPEDA Provinsi Gorontalo sebagai salah satu organisasi/perangkat daerah adalah untuk membantu Pemerintah Provinsi Gorontalo dalam Bidang Perencanaan dan Pengendalian Program Pembangunan Daerah Provinsi Gorontalo, sebagai Provinsi termuda yang mengejar ketertinggalannya dari Provinsi-Provinsi lainnya di Negara Kesatuan Republik Indonesia ini.

Kepala Bappeda 

1. DR. Ir. Nelson Pomalingo, M.Pd               (2001 - 2002)
2. DR. Ir. Sudirman Habibie, M.Sc                                (2002)
3. Ir. H. Nurdin Mokoginta, MM                                      (2002 - 2005)
4. Prof. Dr. Ir. Hj. Winarni Monoarfa, MS                     (2005 - 2012)
5. DR. Ir. Sudirman Habibie, M.Sc                                 (2012 - 2014)
6. Budiyanto Sidiki, S.Sos, M.Si                                      (2014 - 2023)
7. Drs. H. Sofian Ibrahim, M.Si                                        (2023)
8. Budiyanto Sidiki, S.Sos, M.Si (Plt)                            (2023 - 2024)
9. Ir. Handoyo Sugiharto (Plt)                        (2024)
10. Dr. Wahyudin Athar Katili, S.STP, MT      (2024 -Sekarang)