Sebagaimana ditetapkan melalui Peraturan Gubernur Gorontalo Nomor 38 Tahun 2022 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Pemerintah Daerah. Adapun Susunan Organisasi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, terdiri atas :
1. Kepala Badan
2. Sekretaris
a. Sub Bagian Keuangan
b. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
c. Kelompok Jabatan Fungsional dan Pelaksana
3. Bidang Perekonomian dan Sumber Daya Alam
a. Kelompok Jabatan Fungsional dan Pelaksana
4. Bidang Pemerintahan dan Pembangunan Manusia
5. Bidang Infrastruktur dan Kewilayahan
6. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah
7. Bidang Riset dan Inovasi
